Po wydarzeniach ze "Space Quest V" Roger Wilco staje przed trybunałem floty gwiezdnej. Za swoje przewinienia traci rangę oficera. Nie zostaje jednak wyrzucono z floty, gdyż w uznaniu zasług, Roger zostaje przywrócony na swoje poprzednie stanowisko, czyli sprzątacza drugiej rangi. W tej roli trafia na pokład statku DeepShip 69. Tam wplątany zostaje w aferę, której główną sprawczynią jest pewna starsza pani, usiłująca odzyskać młodość. Podczas rozlicznych perypetii, Roger zostaje uratowany przez jedną z członkiń załogi, Stellar, która wyznaje mu, że go kocha.
To, gdzie "Space Quest 6" lśni najbardziej, jest oprawa graficzna i dźwiękowa. Gra dostała największy budżet w dziejach cyklu i to widać. Grafika nabrała nieco bardziej kreskówkowego charakteru, dobrze pasującego do komediowego charakteru gry. Pojawiły się także animacje 3D, będące wówczas ostatnim krzykiem mody. Tła są naprawdę ładne i szczegółowe. Inna sprawa, że jeśli porównamy ją z wydanym rok wcześniej "King's Quest 7", to przygody Roselii i jej matki wypadają graficznie dużo lepiej, ponadto łagodniej obszedł się z nimi czas.
Ogólnie, można powiedzieć, że zmieniło się naprawdę niewiele - i będzie w tym sporo prawdy. Ale nie do końca. Podczas prac nad grą, z Sierry odszedł Josh Mandell, jej główny twórca. Scott Murphy, autor serii, miał niewielki udział w pracach nad tym tytułem, ale po odejściu Mandella, musiał nagle zająć się wszystkim. Sprawiło to, że końcówka gry była wyraźnie robiona za szybko, zaś jej zagadki nie należały do wymagających. Część elementów gry, które Mandell zaprojektował, wyrzucono, zaś Sierra reklamowała "Space Quest 6" jako dzieło Murphyego. Jakby tego było mało, wydane wcześniej demo, opierało się na oryginalnym projekcie i zawarta w nim fabuła nie była związana z zasadniczą grą.
W finale gry pada wyraźnie zapowiedź kontynuacji. Prace nad Space Quest 7 ruszyły w 1997. Tym razem głównym twórcą miał być ponownie Scott Murphy. Niestety, w drugiej połowie 1997 Sierra wypuściła "Space Quest Collection", zawierającą wszystkie poprzednie gry. Sprzedaż, pozbawiona większej promocji, była katastrofalnie niska. To sprawiło, że w grudniu 1997 oficjalnie ogłoszono, że prace na grą nie będą kontynuowane, a kilka miesięcy później Scott Murphy opuścił Sierrę. W 1999 Sierra podjęła próbę wskrzeszenia projektu, ale wewnętrzne problemy firmy uniemożliwiły realizację tego zamiaru. Kilka fanowskich grup próbowało stworzyć samodzielnie tę grę, ale żaden z tych projektów nie został ukończony. W 2002 pojawiły się informacje o nowej grze z tego cyklu, szykowanej na konsole, ale i ten projekt nie ujrzał ostatecznie światła dziennego.
Nietrudno dostrzec, że Sierra zabiła grę na własną prośbę. Brak większej ewolucji, coraz większy budżet przy coraz mniejszym zainteresowaniu, robiły swoje. Problemy z produkcją szóstki nie poprawiły sytuacji, a ogólnie spadające zainteresowanie przygodówkami było gwoździem do trumny. Zamiast próbować wzbogacić grę o jakieś nowe elementy, poprawiano jedynie grafikę i upraszczano rozgrywkę. Ostatecznie, los Space Quest wydawał się przesądzony i gdyby nawet ukazała się część siódma, to ona zapewne byłaby i tak ostatnią.
